El Museo de Presidentes se encuentra en la Planta Baja, a la izquierda, del edificio B. Está próximo a la escalera del ala derecha, al ascensor y a la recepción de Biblioteca. El museo cuenta con los objetos relacionados al más alto cargo político de nuestra nación.
Se cuentan con objetos del Barón de Carondelet, Juan José Flores, Vicente Rocafuerte, Isidro Ayora, Velasco Ibarra, las bandas de Carlos Julio Arosemena Tola, Otto Arosemena Gómez, Carlos Julio Arosemena Monroy, Jaime Roldós Aguilera, Gustavo Noboa Bejarano y Alfredo Palacio González. De los últimos dos Presidentes mencionados se poseen sendas galerías especiales con todos los objetos relacionados con su mandato. También se cuenta con objetos de León Febres Cordero, pero en este caso no contamos con la banda presidencial sino con una banda especial única elaborada especialmente para su período como Alcalde de Guayaquil.
