Las líneas de investigación de la UEES orientan la actividad académica e investigativa de la institución (investigaciones áulicas, trabajos de titulación, proyectos de investigación de grado y postgrado, entre otros), así como también la formación de investigadores para que impulsen la ciencia y la tecnología en todas sus áreas; de tal manera que la universidad cumpla con uno de sus roles dentro de la sociedad como es la generación del nuevo conocimiento, coadyuvando al desarrollo del país, la región y el mundo en los ámbitos científico y social.
Las líneas de investigación se enmarcan en los siguientes ejes:
Las reuniones recurrentes de planeación de líneas de investigación definieron cinco líneas y sus respectivas sublíneas y contenidos; bajo las cuales se desarrollará la actividad académica y de investigación de los docentes y estudiantes de la Universidad de Especialidades Espíritu Santo (UEES) durante los años, del 2016 al 2017.